Апробация комплексного подхода для мониторинга Colletotrichum nymphaeae в почвенных образцах
DOI:
https://doi.org/10.7868/S3034519726010102Ключевые слова:
Colletotrichum nymphaeae, почвенные образцы, выделение ДНК из почвы, ПЦР-РВ, фитосанитарияАннотация
В данном исследовании изучены два основных методических подхода для выявления и количественного определения фитопатогенного гриба Colletotrichum nymphaeae в почве: культурального метода с использованием питательных сред и ПЦР в реальном времени. Цель работы – оценить и сопоставить чувствительность и практические ограничения этих методов применительно к различным почвам. Культуральный метод был оптимизирован путем тестирования различных степеней разведения почвенных суспензий и сравнения эффективности трех питательных сред. Параллельно проводили апробацию выделения ДНК из зараженной почвы одним из коммерческих наборов с дальнейшей идентификацией методом ПЦР-РВ со специфичными праймерами. Результаты демонстрируют зависимость эффективности культурального метода как от типа почвы, так и выбранной питательной среды. Метод ПЦР проявил более высокую чувствительность, позволив детектировать патоген в концентрациях ниже порога чувствительности культурального метода, но он требователен к отсутствию ингибирующего влияния органически богатых почв. Полученные данные подчеркивают необходимость применения комплексного подхода. Исследование предоставляет апробированные практические рекомендации для мониторинга C. nymphaeae, что способствует повышению точности фитосанитарной диагностики и разработке стратегий защиты растений.
Библиографические ссылки
1. Говорова Г.Ф., Говорова Г.Ф. Грибные болезни земляники и клубники: монография. М.: Проспект, 2016. 142 с.
2. Ракитина Д.В., Асланова М.М., Мания Т.Р. Методика выделения ДНК из образцов почвы // Гигиена и санитария. 2022. №3101(5). С. 567–571. https://doi.org/10.47470/0016-9900-2022-101-5-567-571
3. Цветкова Ю.В. Кузнецова А.А. Выявление антракноза земляники и методы диагностики возбудителей заболевания // Микология и фитопатология. 2022. Т. 56. № 2. С. 140-152. https://doi.org/10.31857/S0026364822020118.
4. Цветкова Ю.В., Кузнецова А.А. Классические и современные методы диагностики грибов рода Colletotrichum на землянике садовой // Фитосанитария. Карантин растений. 2020. №1(1). C. 34-42. https://doi.org/10.69536/FKR.2020.64.66.001
5. Юрков А.П., Крюков А.А., Горбунова А.О. и др. Молекулярно-генетическая идентификация грибов арбускулярной микоризы // Экологическая генетика. 2018. Т. 16. № 2. С. 11–23. https://doi.org/10.17816/ecogen16211-23
6. Bollmann-Giolai A., Malone J.G., Arora S. Diversity, detection and exploitation: linking soil fungi and plant disease // Curr Opin Microbiol. 2022. №70. Р. 102199. https://doi.org/10.1016/j.mib.2022.102199.
7. Debode J., van Poucke K., Franca S.C. et al. Detection of multiple Verticillium species in soil using density flotation and real-time polymerase chain reaction // Plant Disease. 2011. № 95. Р. 1571-1580. https://doi.org/10.1094/PDIS-04-11-0267
8. Garrido C., Carbu M., Fernandez-Acero F.J. et al. Development of protocols for detection of Colletotrichum acutatum and monitoring of strawberry anthracnose using real-time PCR. Plant Pathol. 2009. V. 58. P. 43–51. https://doi.org/10.1111/j.1365-3059.2008.01933.x
9. Ji Y., Li X., Gao QH. et al. Colletotrichum species pathogenic to strawberry: discovery history, global diversity, prevalence in China, and the host range of top two species // Phytopathol Res. 2022. №4. Р. 42. https://doi.org/10.1186/s42483-022-00147-9
10. Kumar R. et al. Diagnosis and Detection of Soil-Borne Fungal Phytopathogens in Major Crops. In: Singh, U.B., Kumar, R., Singh, H.B. (eds) Detection, Diagnosis and Management of Soil-borne Phytopathogens. Springer, Singapore. 2023. https://doi.org/10.1007/978-981-19-8307-8_4
11. Molina O.I., Henriquez M.A., Tenuta, M. Culture-based Determination of Verticillium Densities in Soil Overestimates Disease Pressure of Verticillium Wilt of Potato in Manitoba // Am. J. Potato Res. 2023. №100. Р. 324–339. https://doi.org/10.1007/s12230-023-09922-6
Работа выполнена в рамках темы НИОКТР, регистрационный номер № 124030100085-0
